Пінгвіни не боялися "червоних хлопців" навколо своєї колонії, тому що у них немає ворогів, які пересуваються по Землі на ногах або лапах. Головні вороги імператорських пінгвінів мешкають або у воді, як морські леопарди і косатки, або в небі, як поморники і гігантські буревісники.
На пінгвінів полюють найрізноманітніші тварини, зокрема тюлені, морські леви, безліч птахів, серед яких – чайки, поморники і білі іржачки, восьминоги, акули і навіть такі домашні тварини, як собаки, кішки і тхори. Видалення пінгвінів як ланки з харчових ланцюгів зруйнувало б харчові ланцюги для багатьох інших особин.
Для самооборони пінгвіни використовують дзьоб і плавники, які є ефективною зброєю. Але пташенята, що залишилися без нагляду батьків, стають легкою здобиччю для бурого поморника (Catharacta antarctica). Деякі види чайок використовують будь-яку можливість для того, щоб вкрасти яйця пінгвінів.