Значне зростання населення, масштаби урбанізації та інтенсивного освоєння земель, будівництво великих гідротехнічних споруд, а також іригаційні споруди на водотоках басейну Аральського моря без урахування екологічних наслідків були основними чинниками висихання Аральського моря.
Влітку 2009 року східна частина Південного (Великого) Аральського моря висохла. Море, що відступило, залишило після себе 54 тис. км2 сухого морського дна, вкритого сіллю, а в деяких місцях ще й відкладеннями з пестицидів і різних інших сільськогосподарських отрутохімікатів, змитих колись стоками з місцевих полів.
Відновлення всього Аральського моря неможливе. Для цього треба було б у чотири рази збільшити річний приплив вод Амудар’ї та Сирдар’ї порівняно з нинішнім середнім показником 13 км3. Єдиним можливим засобом могло б стати скорочення зрошення полів, на що йде 92% забору води.
Тисячі років море було немов оаза в пустелі, проте з 1960-х років рівень води став швидко знижуватися. Стрімке падіння рівня Аральського моря почалося 1961 року, і вже до 1989 року він знизився майже на 14 метрів. Водойма розпалася на Північне (Мале) і Південне (Велике) моря, роз’єднані вузькою протокою.