Виробництво цього сиру було запущено у 1960-му році на Пошехонському сироварному заводі (Пошехоннє, Ярославська область). Автором рецепту став П. А. Авдієнко, але технологію виробництва сиру було затверджено співробітниками Угличського ВНДІМС вже після його смерті.16 May 2018
Назва дано на честь Пошехонського сироробного заводу, де цей сир виготовляли.
Пошехонському сиру потрібно менше часу. Правильні очі утворюються в результаті діяльності мікроорганізмів, які дихають і виділяють вуглекислий газ. Тим самим сирна маса розсувається і з'являються округлі дірочки. У російського сиру немає правовласника – цікава особливість походження цього бренду.
Історія сиру налічує близько 7000 років та його батьківщиною є, швидше за все, арабський Схід. Бедуїни використовували шкіряні мішки з овечих шлунків для перевезення молока, а трясіння, спека та ферменти перетворювали його на сир.