За однією з версій, воно сталося від евенського слова монгодан — «морські наноси», іншою — від монгот — «висохле дерево»; тоді монгодан – «скупчення сухих дерев»; по третій — від прізвиська бідного евена Магди — «трухлявого пенька», який колись мешкав тут. На думку О.
Нова гіпотеза виникла внаслідок усвідомлення подібності топоніму Магадан з деякими фонетичними варіантами слова майдан – мегдан, магдан, а також через побутування на території міста колишньої дублюючої назви зі змістом "місце збору" – Дзялбу – таким самим, як і у слова майдан.
Нині панує версія освіти назви Магадан від евенського слова монгодан, що перекладають російською мовою як "морські наноси", "плавник", "житло з плавника".
Регіональне поняття «Колима» склалося в 1920-1930-х роках: спочатку у зв'язку з відкриттям у басейні річки Колими багатих родовищ золота, олов'яних руд (каситериту) та інших корисних копалин, а в роки сталінських репресій 1932-1953 років – як місце розташування об'єктів ГУЛАГу з особливо важкими умовами.