Згідно з Ханіхарою, складання японської народності починається з людей епохи Дзьомон, які мігрували на Японський архіпелаг за часів Палеоліту з південно-східної Азії. Ханіхара вважав, що існувала також друга хвиля іммігрантів із північно-східної Азії до Японії в період Яйой.
Перші ознаки заселення Японського архіпелагу з’явилися близько 40 тисячоліття до н.е. з початком японського палеоліту, що тривав до 12-го тисячоліття до н.е. Населення стародавньої Японії займалося полюванням і збиральництвом, виготовляло перші кам’яні знаряддя праці грубого оброблення.
Японців зазвичай відносять до так званого “японського” антропологічного змішаного типу, що посідає проміжне становище між північними та південними монголоїдами і має значну частку айнської домішки.