У 1985-1986 роках рівень Аралу знизився до критичної позначки в 41 м, після чого пересохла протока Берга і море розділилося на дві ізольовані водойми – Північну (Малу) площею близько 3000 км², у яку впадає Сирдар’я, і Південну (Велику), у яку впадає Амудар’я.
Наприкінці 1980-х рр. Унаслідок зниження рівня води Аральське море розділилося на Велике Аральське море (на території м. Республіка Узбекистан) і Північне / Мале Аральське море (на території Казахстану).
Тисячі років море було немов оаза в пустелі, проте з 1960-х років рівень води став швидко знижуватися. Стрімке падіння рівня Аральського моря почалося 1961 року, і вже до 1989 року він знизився майже на 14 метрів. Водойма розпалася на Північне (Мале) і Південне (Велике) моря, роз’єднані вузькою протокою.
Після того, як Аральське море висохло, на його дні було знайдено залишки дуже древнього храму. Археологи, які прибули на місце знахідки, встановили, що ця споруда відноситься до 11-14 століть нашої ери і що, як не дивно, це копія мавзолею Ясаві в Туркестані.