Прикази перебували в безпосередньому віданні царя і Боярської думи. Керівництво Приказами було колегіальним. Особи, які стояли на чолі Приказу, отримали назву суддів (від судових функцій більшості Приказів).
На чолі окремого наказу стояв наказний суддя (у деяких наказах суддів було по двоє і більше; їх називали товаришами головного судді), якого призначали з думних чинів.
У 1718 році Петро I скасував громіздку і заплутану систему наказного управління країною. Замість півсотні наказів, чиї функції частково збігалися і не мали чітких меж, було засновано 11 колегій.
Іван IV. Судебник 1550 року встановлює систему приказного управління, основний каркас якої зберігається до кінця XVII ст.