У більшості випадків прогноз реактивного артриту сприятливий, повне одужання протягом 6-12 місяців спостерігається у 80 % пацієнтів. Лише у невеликого відсотка пацієнтів симптоми можуть повернутися або стан може носити хронічний характер.
Реактивний артрит часто вирішується мимовільно протягом 3-4 місяців, але у більш ніж 50% пацієнтів симптоми рецидивують або тривають довгі роки. Хронічний рецидивний перебіг може призводити до хронічного запалення суглобів, хребта або крижово-клубових суглобів.
Для лікування реактивного артриту використовують два класи антибіотиків: тетрацикліни та фторхінолони. В окремих випадках можуть використовуватися макроліди. Іноді поставити правильний діагноз можна тільки за відповіддю пацієнта на лікування.